Οφείλονται σε διαταραχή της οργανογένεσης κατά την εμβρυϊκή ζωή. Προκαλούνται από διάφορους παράγοντες, όπως γενετικοί (Σύνδρομο Treacher – Collins – Francheschetti), νοσήματα, φάρμακα, εξωγενείς παράγοντες (ακτινοβολία, υπέρηχοι).

Τέτοιες παθήσεις είναι α) μακρωτία (μεγάλα αυτιά), β) μικρωτία, γ) ανωτία, δ) έπαρμα του Darwin, ε) συρίγγια προωτιαία ή οπισθωτιαία, στ) αφεστώτα ώτα (πεταχτά αυτιά), ζ) στένωση ή ατρησία του έξω ακουστικού πόρου.

Οι παραπάνω παθήσεις αντιμετωπίζονται χειρουργικώς σε συγκεκριμένες ηλικίες ανάλογα με την πάθηση.